La primera referencia documental se remonta al siglo XII. Fue cuando el rey Alfonso I donó a la Orden del Temple un pequeño núcleo de viviendas de labor, propiedad del musulmán Abú-Qinaní. Este nombre propio ha derivado en el actual término de Boquiñeni. Históricamente, ha sido una localidad humilde dedicada a la agricultura y la ganadería porcina. Además, vio aumentados sus regadíos con la construcción del Canal Imperial de Aragón en el siglo XVIII.
La localidad guarda gran devoción a la figura del Santo Cristo, al que se le atribuye un milagro. El 24 de mayo de 1864, mientras el pueblo atravesaba una época de sequía. Esto hizo que los vecinos llevaran la imagen del Santo Cristo hasta la ermita de San Miguel, tras lo cual se desencadenó la lluvia. Así surgió la tradición de peregrinar en procesión hasta la ermita, acompañados por los danzantes.
La iglesia de la Asunción de Nª Señora es de fábrica contemporánea, aunque en su interior podemos contemplar obras más antiguas, procedentes del anterior templo. En los alrededores del pueblo se puede visitar el galacho de los Fornazos. Es un paraje natural situado entre Boquiñeni y Pradilla de Ebro, el único ejemplo de este tipo de humedales en la Ribera Alta del Ebro.
En la Semana Santa boquiñenera destaca el ‘Viacrucis Jotero’ del Viernes Santo que cuenta con 14 jotas acompañadas por una rondalla.
Boquiñeni homenajea en su escudo y bandera a la antigua barca ‘El Carladero’. Desde 1845 fue utilizada como medio de transporte para cruzar el Ebro entre los municipios de Boquiñeni y Pradilla de Ebro. La construcción de puentes hizo que este servicio dejara de funcionar a principios de la década de 1980. El deseo de recuperar su uso para fines turísticos fue frustrado por la riada de 2015, que arrancó la barca de sus amarres y la dejó destrozada.
______________