El nombre de esta localidad aparece por primera vez en 1156, aunque se desconocen los detalles de su historia y su origen. Tras la expulsión de los moriscos en 1609, se repobló con gente procedente de Castilla, Navarra y Francia. El municipio fue propiedad de la casa de los Luna hasta el siglo XVII, cuando, fruto de un matrimonio, pasó a pertenecer a los Cerdán, también señores de Pinseque y el Castellar.
Bárboles es un pueblo dedicado principalmente a la agricultura y destaca por la riqueza de su huerta. Cuenta con dos pedanías, Oitura y Peramán, situadas a pocos kilómetros. Hasta el siglo XVI, hubo un castillo, del que solo queda el arco de ladrillo que formaba parte de la entrada a la fortificación.
En el siglo XVI se construyó la iglesia de la Asunción de Nª Señora, sobre una anterior de la que solo se conserva la torre mudéjar.
En su interior, cabe destacar un interesante retablo renacentista de la Sagrada Familia. Junto a la vega del Jalón, en la desaparecida población de Peramán, se erige la Ermita de la Virgen de la Ola, lugar de peregrinación para las localidades de Bárboles, Grisén y Pinseque.Una de las curiosidades de la población son las casas cueva, viviendas excavadas aprovechando el relieve del terreno.
En la actualidad estas casas cueva se siguen utilizando como bodegas.
Cuenta la leyenda que en Peramán, apareció la imagen de Nª Señora de la Ola, arrastrada por las aguas del Jalón. Los vecinos la rescataron del cauce colocándola en su altar. Posteriormente, se le atribuyó el milagro ocurrido durante un gran incendio en la villa que, al llegar al altar de la Virgen, se apagó milagrosamente gracias a una repentina e imprevista lluvia.
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